НДФЛ и «эквивалентная надбавка» уже включены в процесс создания счетов вручную:
Показатели по счетам-фактурам в e.FACT (октябрь 2024 г.)
Показатели по счетам-фактурам в e.FACT (сентябрь 2024 г.)
Показатели счетов-фактур в e.FACT (август 2024 г.)