НДФЛ и «эквивалентная надбавка» уже включены в процесс создания счетов вручную:
Показатели по счетам в e-FACT (декабрь 2023 г.)
Показатели по счетам в e-FACT (ноябрь 2023 г.)
Новые уведомления об услуге e-FACT